Sejarah Pemerintahan Desa Panca Agung saat itu adalah:
- Desa Panca Agung sebelumnya dipimpin oleh seorang Kepala Unit Penempatan Transmigrasi (KUPT) yang bernama ANTON Beliau adalah seorang KUPT Salimbatu I (Kepala Unit Pemukiman Transmigrasi ) yang di tugaskan untuk memimpin dan membina warga pemukiman Trasimigrasi, salah satu tugas beliau adalah membentuk Desa Persiapan.
- Pada bulan Agustus tahun 1987 dibentuk Desa Persiapan dan yang terpilih adalah Bapak RAHMAD sebagai Kepala Desa Persiapan, tugas beliau adalah sebagaimana tugas-tugas kepala Desa dan mempersiapkan Pemilihan Kepala Desa Dipinitif, masa jabatan beliau + 1 (satu) tahun, Kemudian pada Juli 1990 pengelolaan Pemukiman Trasimigrasi diserahkan kepada pemerintah daerah.
- Pada bulan September 1990 dilakukan pemilihan kepala Desa yang pertama dengan 2(dua) orang calon Kepala Desa yaitu Bapak HADI SUPRAPTO dan Bapak RAHMAD dan yang terpilih pada saat itu adalah Bapak HADI SUPRAPTO sebagai Kepala Desa Panca Agung yang pertama. Pada masa pemerintahan kepala Desa Bapak HADI SUPRAPTO , kegiatan Desa Panca Agung banyak digunakan untuk menata Administrasi Desa, kelembagaan, kelompok RT/RW dan penataan kelompok-kelompok pertanian yang lain dan Seni Budaya Wayang Kulit walaupun masih bersifat sederhana, pada saat itu kegiatan kelompok masyarakat sangat antusias terutama pelestarian Budaya Kesenian, kemudian bidang pertanian dan sebagian kecil pada sektor perkebunan.
- Awal mula desa panca agung adalah penduduk yang di datangkan dari pulau jawa atau yang disebut dengan Transmigrasi pada tahun 1983 yang berjumlah 425 kepala keluarga dari lima kabupaten besar di jawa tengah yaitu brebes, Pati, purworejo, magelang, dan dari jawa timur yaitu nganjuk, kediri dan ada berapa tambahan juga dari jawa barat yaitu dari ciamis, cianjur, yang di pimpin oleh kepala unit pemukiman transmigrasi dan pada tahun 1984 sampai 2001 di pimpin oleh kepala desa devinitif yang dipilih masyarakat desa hingga pada tahun 2003 menjadi desa panca agung secara administrasi dengan wilayah 2500 km2 dengan tiga dusun lima belas rt hingga sekarang yang kurang lebih berjumlah penduduk 2400 jiwa 807 kepala keluarga dengan mayoritas penduduk bekerja sebagai petani pekebun dan ada sebagian bekerja sebagai buruh kebun dan di tambang, dan sekarang desa panca agung sebagai desa berkembang.